Sesuai dengan perka BATAN No 21 tahun 2014 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Kepala BATAN No 8 tahun 2016 tentang Rinciaan Tugas Unit Kerja di lingkungan Badan Tenaga Nuklir Nasional, Pusat Teknologi Bahan Bakar Nuklir mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pengendalian kebijakan teknis, pelaksanaan, dan pembinaan dan bimbingan di bidang pengembangan teknologi fabrikasi bahan bakar nuklir dan teknik uji radiometalurgi.
1. Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan urusan perencanaan, persuratan dan kearsipan, kepegawaian, keuangan, perlengkapan dan rumah tangga, dokumentasi ilmiah dan publikasi serta pelaporan.
2. Bidang Fabrikasi Bahan Bakar Nuklir mempunyai tugas melaksanakan pengembangan teknologi fabrikasi bahan bakar nuklir.
3. Bidang Uji Radiometalurgi mempunyai tugas melaksanakan pengembangan teknik uji radiometalurgi.
4. Bidang Pengembangan Fasilitas Bahan Bakar Nuklir mempunyai tugas melaksanakan operasi, pemeliharaan dan pengembangan fasilitas elemen bakar nuklir dan fasilitas radiometalurgi.
5. Bidang Keselamatan Kerja dan Akuntansi Bahan Nuklir mempunyai tugas melaksanakan pemantauan keselamatan kerja, proteksi radiasi, akuntansi bahan nuklir dan pengelolaan limbah.
6. Unit Jaminan Mutu mempunyai tugas melakukan pengembangan, pemantauan pelaksanaan dan audit internal sistem manajemen mutu pengembangan teknologi bahan bakar nuklir.
7. Unit Pengamanan Nuklir mempunyai tugas melaksanakan pengamanan instalasi nuklir, lingkungan, dan personil dalam bentuk pemantauan, pencegahan dan penanggulangan di lingkungan Pusat Teknologi Bahan Bakar Nuklir.